Être payé vite, sans relance infinie, c’est souvent une question d’outillage. Le bon combo n’est pas forcément “un seul logiciel magique”, mais plutôt un outil de facturation + une solution d’encaissement (carte, PayPal, virement, prélèvement), bien intégrés.
Dernier point important si vous facturez en France : la généralisation de la facturation électronique entre entreprises arrive avec un calendrier précis (réception dès 1er septembre 2026 pour toutes les entreprises ; émission selon taille, avec un passage à 1er septembre 2027 pour PME et micro-entreprises). impots.gouv.fr+2Service Public Entreprendre+2
Ce qu’il faut vraiment regarder avant de choisir
1) Votre activité et votre mode de vente
Prestations / freelance : devis → facture → lien de paiement (CB / virement) + relances automatiques.
E-commerce : passerelle de paiement (WooCommerce/Shopify) + facturation/exports compta.
Abonnements / récurrence : paiements programmés (carte) ou prélèvement SEPA.
Présentiel : terminal, Tap to Pay, liens de paiement par QR code.
2) Les moyens de paiement indispensables
Carte bancaire (souvent avec Apple Pay / Google Pay)
PayPal
Virement
Prélèvement SEPA (très utile en B2B, abonnements, mensualités)
3) La partie “cashflow”
Statut des factures (envoyée, vue, payée)
Relances automatiques
Frais et délais de versement
Gestion des impayés/contestations
Les meilleures solutions pour encaisser (liens de paiement, factures payables en ligne)
Stripe (Payment Links + Invoicing) : polyvalent, pro, scalable
Stripe est souvent le choix “couteau suisse” : vous pouvez encaisser via des liens de paiement (sans site) ou via des factures (one-shot ou récurrentes). Stripe+2Documentation Stripe+2
Idéal pour :
Freelances qui veulent envoyer un lien en DM / mail
SaaS / services récurrents
E-commerce (via plugins) et paiements internationaux
Points à savoir :
Très complet, mais peut devenir “usine à gaz” si vous utilisez toutes les options
Nécessite un minimum de paramétrage (produits, TVA, mentions, etc.)
PayPal Invoicing : simple, rassurant pour certains clients
PayPal permet d’envoyer des factures et le client peut payer même sans compte PayPal (selon le pays et les options disponibles). PayPal+1
Idéal pour :
Prestations ponctuelles
Clients habitués à PayPal
Encaissement rapide “sans friction”
Limite :
Moins “pro/structuré” qu’une stack facturation + paiement dédiée, selon les besoins.
SumUp Invoices : très bon pour indépendants et petites structures
SumUp propose un module “Invoices” où le client peut payer via un bouton/lien de paiement depuis l’email ou le PDF. help.sumup.com+1
Idéal pour :
Indépendants / artisans
Ceux qui veulent un écosystème simple (souvent déjà équipé SumUp côté terminal)
Square Invoices : factures + suivi + paiement (bon “tout-en-un”)
Square permet de créer/envoyer des factures, suivre le statut et se faire payer en ligne, dans un système unifié. Square+1
Idéal pour :
Commerce + services (mix présentiel et en ligne)
Structures qui veulent POS + facturation + paiement au même endroit
GoCardless : la référence pour le prélèvement SEPA (B2B, récurrence)
Si vous facturez au mois (maintenance, abonnement, prestations récurrentes), le prélèvement SEPA est souvent plus stable que la carte. GoCardless explique la mise en place SEPA et met en avant la collecte via des liens/pages de paiement et des intégrations. GoCardless+2GoCardless+2
Idéal pour :
Abonnements B2B
Échéanciers / paiements mensuels
Réduction des retards de paiement
Mollie (pour WooCommerce) : passerelle e-commerce multi-moyens de paiement
Pour WooCommerce, Mollie est intéressante si vous voulez activer plusieurs moyens (cartes, PayPal, Apple Pay, etc.) via un seul plugin, avec activation côté dashboard. WordPress.org Français+2mollie.com+2
Idéal pour :
E-commerce WordPress/WooCommerce
Sites qui veulent proposer plusieurs moyens de paiement facilement
Les meilleurs logiciels de facturation qui facilitent l’encaissement (France)
Sellsy : facturation + encaissement via modules (Stripe/PayPal…)
Sellsy permet d’activer des modules de paiement (ex : Stripe, PayPal) pour régler des factures en ligne, et de partager des documents via lien public. Sellsy+1
Idéal pour :
TPE/PME qui veulent CRM + devis/factures + paiements
Équipes commerciales (suivi client)
Axonaut : factures payables en ligne (Stripe / GoCardless)
Axonaut explique la mise en place du paiement de factures en ligne, y compris par carte via Stripe et par prélèvement via GoCardless. Axonaut+1
Idéal pour :
TPE/PME orientées gestion commerciale
Besoin de portail/expérience client “pro”
Pennylane : facturation avec lien de paiement (Pay by Bank)
Pennylane indique avoir ajouté un lien de paiement par banque sur les factures envoyées depuis son module de facturation (PayByBank), en plus d’autres moyens. Pennylane+1
Idéal pour :
Boîtes qui veulent facturation + pilotage + liaison compta
Réduction de friction côté paiement (selon profil client)
Indy : facturation (simple) + suivi des encaissements
Indy met en avant un module facturation avec création de devis/factures et suivi des paiements. Indy
Idéal pour :
Indépendants / micro / professions libérales qui veulent un outil simple
Recommandations rapides par profil (les combos qui marchent)
Freelance / prestation (facture + paiement immédiat)
Option simple : PayPal Invoicing
Option pro : Stripe Invoicing ou Stripe Payment Links + un outil de facturation si besoin Documentation Stripe+1
TPE/PME B2B (devis/facture + relances + encaissement)
Sellsy ou Axonaut, avec paiement par carte (Stripe) et/ou prélèvement (GoCardless) Sellsy+2Axonaut+2
E-commerce WooCommerce
Mollie (multi-moyens) ou Stripe/PayPal selon votre stratégie de paiement WordPress.org Français+1
Abonnements / mensualités
GoCardless (SEPA) + facturation (ou intégration via votre outil) GoCardless+1
Présentiel + en ligne
Square ou SumUp (selon votre écosystème), avec factures payables Square+1
Checklist “mise en place” (pour être payé plus vite)
Ajoutez une phrase claire sur vos factures : “Paiement par carte / PayPal / virement” + délais + pénalités (si applicable).
Activez les relances automatiques (à J+3, J+7, J+14).
Proposez au moins 2 moyens : carte + virement (et SEPA si récurrent).
Testez le parcours client (mobile) : lien → paiement → reçu/confirmation.
Anticipez la facturation électronique : vérifiez que votre stack est alignée avec le calendrier et vos obligations. impots.gouv.fr+1
Conclusion
Le “meilleur” outil dépend de votre réalité : volume de factures, B2B/B2C, récurrence, WooCommerce ou non, et niveau d’automatisation attendu. Pour la plupart des indépendants, Stripe/PayPal suffisent pour démarrer. Dès que vous avez du volume (ou du B2B), un outil type Sellsy/Axonaut/Pennylane avec des moyens d’encaissement intégrés devient vite rentable en temps et en cashflow. Sellsy+2Axonaut+2
